Основной целью научной деятельности Финансового университета является выполнение научных исследований и развитие творческой деятельности научно-педагогических работников и обучающихся.
Научная работа в Новороссийском филиале ведется в соответствии с общеуниверситетской комплексной темой «Формирование условий долгосрочного устойчивого развития России: теория и практика». В рамках данной темы ежегодно преподаватели филиала организуют и участвуют в различных мастер-классах, научных конференциях, симпозиумах, форумах, в международных, всероссийских, межвузовских, вузовских научных и практико-ориентированных мероприятиях.
Научная деятельность в Новороссийском филиале Финансового университета представлена различными направлениями исследований: цифровизация экономики, моделирование бизнес-процессов, маркетинг и менеджмент, волонтерские движения, микро – и макроэкономические проблемы современности.